وتم نقل النعش الى مطار الماظة العسكري بشرق القاهرة حيث ستقوم طائرة عسكرية بنقلة مرة اخرى الى دير الانبا بشوي بوادي النطرون حيث سيتم الدفن عملا بوصية شنودة الثالث نفسه.
وشارك في المراسم عدد كبير من رجال الدين الاقباط والسياسيين، وجموع غفيرة من المسيحيين المصريين.
وحضر الجنازة بعض اعضاء المجلس العسكري الحاكم واربعة من المرشحين المحتملين لرئاسة الجمهورية "عمرو موسى واحمد شفيق وحمدين صباحي وعبد المنعم ابو الفتوح" اضافة الى رئيس مجلس الشعب سعد الكتاتني.
وأعلن المجلس العسكري الحاكم اليوم يوم حداد وطني، فيما بقي الجثمان مسجى عدة ايام لتمكين الالاف من القاء النظرة الاخيرة على البابا الذي توفي عن عمر ناهز 89 عاما.
وتولى الانبا باخوميوس اسقف البحيرة مهام البابا الى حين انتخاب خليفة له، وهي عملية معقدة قد تستغرق عدة اشهر.
هذا وسيقوم مجلس من 1500 شخص، مكون من اعضاء المجمع المقدس والمجلس الملي اضافة الى شخصيات عامة من بينهم الوزراء والنواب السابقون والحاليون وصحفيون، بالاقتراع على المرشحين لمنصب البابا ثم تجرى "قرعة هيكلية" بين المرشحين الثلاثة الحاصلين على اعلى الاصوات لاختيار البابا.