وطالب البيان أجهزة الدولة كل حسب إختصاصه بمنع كل ما يسبب الإلحاد أو التشكيك وينشره بين المسلمين ، سواء كان كتبا ً أو مواقع أو قنوات أو برامج أو مقاهي أو تجمعات .
مفتي السعودية الشيخ عبد العزيز آل الشيخ رفض ما جاء في بيان العلماء قائلا ً إن الأمر مجرد دعوى تحتاج إلى دليل .
بدوره وصف الإعلامي السعودي ناصر الصرامي على صفحته في تويتر بيان العلماء بالعجز الممنهج لدى شيوخ تقليديين غير قادرين على فهم التطور وإشباع أسئلة جيل الشباب ومناقشة أفكارهم ، وإكتفائهم بخطاب يستجلب القمع مع رغبة في بعث محاكم التفتيش في إشارة إلى ما كان يجري في أوروبا من قمع للعلماء والمفكرين في القرون الوسطى.
كما قلل المحامي والباحث الشرعي حمود الناجم من أهمية البيان وقال إن ما رمى إليه لا يعدو كونه حوادث فردية أتخذت الدولة ما يلزم لمواجهتها وفقا ً لمقتضى الشرع .
تجدر الإشارة إلى بروز خلافات حادة في السعودية بين وهابية متحجرة تكفر كل من يخالفها الرأي من المسلمين وبين كتاب ومفكرين وسياسيين يدعون للإنفتاح على روح العصر مع التمسك بالإسلام بمفهومه الحقيقي بعيدا ً من التجريد .