يذكر ان وزارة الداخلية واجهزتها البوليسية استهدفت البجادي بعد كشفه مقتل المقيم اليمني (سلطان محمد عبده الدعيس) تحت التعذيب في معتقل الطرفية السياسي بالقصيم، في شهر ديسمبر 2010 م، حيث تواصل البجادي مع عائلة القتيل و بعض آليات الأمم المتحدة لحقوق الإنسان من أجل التنسيق لتسليم جثمان القتيل لذويه ونقله لليمن وفحصها كي يتم تحديد سبب الوفاة بدقة، وذلك لعدم وجود مؤسسات مستقلة في السعودية يمكنها أن تكتب تقريرا محايدا عن سبب الوفاة.
وتواصل البجادي مع وسائل الإعلام ليكشف عن الحادثة، ومنذ ذلك الوقت اصبح عرضة لمزيد من المضايقات والمراقبة من قبل المباحث العامة، إلى أن اعتقلته بعد كتابته على التويتر حول المعتقلين تعسفيا ليتم نقله بعد ذلك إلى معتقل الحاير السياسي بالرياض.
وبعد عزل محمد البجادي في الانفرادي أربعة أشهر وحرمانه من حقه بتوكيل من توكيل محام، أحالته وزارة الداخلية سرا إلى المحكمة الجزائية المتخصصة التابعة للوزارة،و هذه المحكمة تعتمد السرية ولم ينشر إلى اليوم نظامها واختصاصها.
وحكمت عليه بالسجن أربع سنوات والمنع من السفر خمس سنوات مع العلم أنه ممنوع من السفر أصلا من قبل وزارة الداخلية، وصدر الحكم بدعوى أنه متهم بالإشتراك في تأسيس جمعية لحقوق الإنسان (المقصود بها جمعية الحقوق المدنية والسياسية)، وتشويه صورة الدولة في وسائل الإعلام (إشارة لقضية المقيم اليمني سلطان الدعيس الذي قتل أثناء التعذيب في سجن المباحث بالطرفية بمنطقة القصيم، والتي كشفها البجادي للرأي العام المحلي والعالمي)، وطعنه في استقلالية القضاء، اضافة الى حيازة كتب ممنوعة (قام البجادي بشرائها من معرض الرياض الدولي للكتاب).
هذا وحملت جمعية الحقوق المدنية والسياسية وزارة الداخلية السعودية ورئيس هيئة التحقيق والإدعاء العام المسؤولية الكاملة عن سلامة محمد البجادي الجسدية والنفسية، وتؤكد أن محمد البجادي ناشط حقوقي قام بواجبه وما يمليه عليه ضميره تجاه بلده وشعبه في رصد انتهاكات حقوق الإنسان في المعتقلات السياسية لوزارة الداخلية وفضحها والمطالبة بمحاسبة مرتكبيها.
كما طالبت بإطلاق سراح محمد البجادي فورا وتعويضه عن ما لقيه من جور وتعسف، وإذا كانت وزارة الداخلية تزعم أن محمد البجادي قد ارتكب جناية فعليها أن تحاكمه في محكمة طبيعية تضمن معايير العدالة في محاكمة علنية يحضرها الإعلام المستقل والحقوقيون المستقلون والمهتمين بالشأن العام.