وحاول السفير المصري لدى الاتحاد محمد إدريس إقناع المجلس بأن الجيش لم يفعل سوى تلبية مطلب الشعب المصري، وان إزاحة مرسي ليست سوى استكمال للثورة المصرية التي طردت الرئيس السابق المخلوع حسني مبارك من السلطة 2011، ولم تعلق عضوية مصر في الاتحاد حينذاك .
لكن رئيسة مفوضية الاتحاد الأفريقي نكوسازانا دلاميني زوما قالت إنه لن يجلس أحد وراء العلم المصري في الاتحاد، لا الحكومة السابقة ولا الحكومة المؤقتة، قبل أن تجرى انتخابات تكون التعبير الأكيد عن إرادة الشعب المصري. وأضافت أن العودة إلى النظام الدستوري تأتي من خلال الانتخابات، مشيرة إلى أنها لا تستطيع ذكر موعد لذلك.
القاهرة عبرت عن أسفها الشديد لقرار الاتحاد الأفريقي على لسان المتحدث الرسمي باسم وزارة الخارجية المصرية بدر عبد العاطي الذي أكدً أن هذا القرار قد اتُّخذ بناءً على معلومات لا تمت للواقع بصلة، ومن دون الأخذ في الاعتبار حقيقة أن ما حدث في مصر ، كان نتيجة مطلب شعبي جسده خروج عشرات الملايين من المصريين إلى الشوارع للمطالبة بإجراء انتخابات رئاسية مبكرة.