وقال مرسي لهيئة المحكمة أثناء أولى جلسات محاكمته المنعقدة بأكاديمية الشرطة في القاهرة: "أنا الرئيس الشرعي للبلاد.. وأرفض أن يكون القضاء المصري غطاء للانقلاب العسكري المجرم"، على حد تعبيره.
ورفض مرسي ارتداء زي الحبس الاحتياطي أثناء حضوره في المحكمة، وقال إنه "موجود في هذا المكان بالقوة"، وطالب رئيس المحكمة بألا يشارك في الانقلاب ويخوله ليمارس صلاحيته كرئيس جمهورية.
وقد هتف اثنان من قادة الاخوان المسلمين يحاكمان مع مرسي في نفس القضية وهما عصام العريان ومحمد البلتاجي "يسقط يسقط حكم العسكر".
هذا ووصل مرسي إلى مقر أكاديمية الشرطة على متن مروحية عسكرية صباح اليوم الاثنين 4 نوفمبر/تشرين الثاني، وذلك لحضور أولى جلسات محاكمته في قضية قتل المتظاهرين.
وقد فرضت قوات الأمن حصارا أمنيا أمام بوابة دخول الأكاديمية وجميع المواقع المحيطة بها، كما اجتمع أمام أكاديمية الشرطة العشرات من أنصار مرسي رافعين شعارات رابعة، وذلك للمطالبة بعودة ما يعتبرونه الشرعية.
إلى ذلك خرجت عدة تظاهرات للاخوان في المدن احتجاجا على محاكمة مرسي، حيث استخدمت قوات الامن القنابل المسيلة للدموع لتفريقها.