واعتقل الشيخ علي المسترشد من منزله في المنامة بتاريخ 11 نوفمبر 2011، أي قبل أيام قليلة من إصدار تقرير لجنة بسيوني.
وتعرض المسترشد إلى التعذيب الشديد قبل اتهامه في ما يسمى بـ"خلية قطر".. من تعصيب العين، الى الوقوف المتواصل دون جلوس ودون نوم ودون أكل،و الضرب على الرأس بلا توقف، وانتزاع الاعتراف تحت التعذيب، والتوقيع على الاعترافات دون رؤيتها، الإهانة والإذلال. حتى كانت ثلاثة أيام بكل ساعاتها كفيلة أن تسبب أزمة قلبية للشيخ المسترشد وخفقان غير طبيعي بالقلب.
وتدارك ضباط كبار (وفقا لحقوقيين) أزمة المسترشد القلبية لكي لا يقع النظام في فضيحة جديدة بعد اسبوع من صدور تقرير بسيوني، فتم نقل الشيخ إلى المستشفى.
وعلى اثر ذلك، اتهم الشيخ علي المسترشد بتدريب200 شخص على "أعمال إرهابية" (وفق زعم سلطات المنامة)، وأنه مع باقي المتهمين ينوون تفجير جسر الملك فهد وأماكن حيوية أخرى.
وهكذا وجهت التهم للشيخ الذي يؤم المصلين في مسجد الخواجة، وينشط في مجال التبليغ الديني واقامة الدروس الثقافية في منطقة سكنه بالمنامة، ومن دون أية أدلة على ما تم توجيهه إليه على أرض الواقع فإن التهم التي وجهت للمسترشد مع المجموعة التي معه جرّت معها أحكاماً بالسجن 15 عاماً لكل واحد منهم.
ولا زالت قضية ما يعرف بـ"خلية قطر" تراوح مكانها، في حين يؤكد ناشطون بحقوق الانسان أن عددا كبيرا من الشباب البحريني يقبعون في سجون النظام بتهم كيدية انتقامية.