يمثل حاليا اربعة صحافيين من القناة امام محكمة في القاهرة بتهمة دعم حركة الاخوان المسلمين التي ينتمي اليها مرسي.
واكدت القناة على موقعها على الانترنت انها اخطرت الحكومة المصرية المؤقتة رسميا بطلبها هذا، عملا باتفاق ثنائي بين قطر ومصر ابرم عام 1999 لحماية الاستثمارات وينص على حق استثمارات الطرفين بمعاملة عادلة ومنصفة.
وينص الاتفاق نفسه في حال نزاع على منح الطرفين مهلة ستة اشهر لحل الخلاف حبيا والا فيمكن اخضاع القضية لتحكيم دولي.
واكدت القناة انه منذ عزل مرسي تعرض صحافيون وموظفو الجزيرة "لحملة منظمة مستمرة من المضايقات والترهيب".
واتهمت القناة الحكومة المصرية المؤقتة على الاخص بتنفيذ اجراءات "شملت التشويش على بثها وإغلاق مكاتب ومرافق أخرى.
كما تم إلغاء ترخيص البث الممنوح لشبكة الجزيرة في مصر وإخضاع مكاتبها هناك لإجراءات تصفية إجبارية".
وتتهم القاهرة القناة بدعم الاخوان المسلمين ولا سيما من خلال قناتها الواسعة المشاهدة في العالم العربي وتتهم بالانحياز الى جماعة الاخوان، فيما تندد قطر بالقمع العنيف لانصار مرسي.
واضافت ان اربعة من صحافييها ما زالوا قيد الحجز فيما يحاكم ستة منهم غيابيا.