وواجه مرسي اتهامات بالتحريض على قتل متظاهرين في العام 2012 امام قصر الرئاسة اثناء توليه السلطة.
واتهمت جماعة "الاخوان المسلمين" الاثنين السيسي بـ "استغلال القضاء كسلاح في معركته ضد الشرعية الشعبية والثورية التي يمثلها الرئيس محمد مرسي"، داعية الى "حراك ثوري شامل" في مصر اعتبارا من الثلاثاء.
وبموازاة هذه القضية، فإن الرئيس المصري المخلوع حسني مبارك الذي صدر حكم ضده بالحبس المؤبد بتهمة التواطؤ في قتل متظاهرين في عام 2011، اسقطت عنه التهم بعد الطعن على الحكم الاول كما تمت تبرئته في قضايا فساد هو وولديه وكذلك العديد من رموز نظامه.