وجاء في نص رسالة عزاء الرئيس روحاني كما أفاد الموقع الإعلامي لرئاسة الجمهورية ، "تلقينا ببالغ الحزن والأسى خبر وفاة آية الله السيد جعفر مرتضى العاملي".
وتابع روحاني في رسالته، "ان هذا المفكر والباحث الدؤوب في مجال العلوم القرآنية، قدم خدمات خالدة للثقافة الشيعية عبر صرف سنوات طويلة في الدراسات المتعمقة في مجال البحوث الشيعية وكتابة السير والتراجم، وسهر على تنشئة تلامذة بارزين في حوزات العلوم الدينية بمدينة قم المقدسة ولبنان.
وأعرب رئيس الجمهورية عن خالص تعازيه الى الأسرة الكريمة لهذا المفكر والباحث في مجال العلوم الإسلامية، والى حوزات العلوم الدينية في لبنان، والشعب اللبناني النبيل؛ سائلا الباري تعالى أن يبوئه الدرجات العلى وأن يجمعه مع أوليائه، وأن يمن على كافة ذويه بالصبر والأجر والسلوان.