أولى الملاحظات التي رافقت جلستي المحاكمة ،تكمن في حالة الهرج والمرج المرافقة لهما ،وهي مسألة دفعت العديد من خبراء القانون إلى القول بأن العجلة وعدم التنظيم هما الإطار الذي أفقد المحاكمة العديد من عناصر جديتها.
وبدت الأسئلة القليلة الي تم توجيهها إلى الرئيس المخلوع ونجليه أبعد عن الإستنطاق الذي يتبعه عادة المحققون ،إذ كان من السهل على مبارك ونجليه ووزير داخليته أن ينفوا بكلمات قليلة التهم الموجهة إليهم .
ووفقا لما تقوله صحيفة ديلي تليجراف البريطانية ، أن المصريين يريدون أن يروا نتائج فورية لجهودهم الثورية فيما يتعلق بمحاكمات أركان النظام السابق، لكن بالنظر إلى تعقيد القضايا المتورط فيها مبارك وأعضاء نظامه يصعب تحقيق هذاالأمر .
وتساءلت صحيفة واشنطن بوست الأمريكية عما إذا كانت هذه المحاكمة ستحقق العدالة الغائبة، فبعض المصريين يخشون أن تستخدم السلطة العسكرية المحاكمة باعتبارها دليلا على التحول الديمقراطي وتحقيق الإصلاحات في البلاد، في الوقت الذي يرى فيه النشطاء أن البلاد في حاجة للمزيد من التغيير الحقيقي.
و نقلت "واشنطن تايمز" عن نشطاء أساسيين في الثورة المصرية خشيتهم من أن تكون محاكمة مبارك نهاية الثورة، فالبعض سيقول إن الثورة حققت أهدافها، ولكن الحقيقة لا ينبغي أن تكون كذلك.
وشهد العالم كله جلستي محاكمة للرئيس المخلوع حسني مبارك على الهواء واعلن ان الجلسة الثالثة لن تكون علنية بينما أثيرت شكوك كثيرة حول طريقة المحاكمة غير العلنية ابتداء من 5 من الشهر المقبل وإيصال المحاكمة إلى نهايتها.
ويرى البعض إن محاكمة مبارك تبدو كأنها محاكمة أشخاص عاديين .. وليست محاكمة نظام حيث ساد جلستي المحاكمة الهرج والمرج ويرى بعض اخر أيضا إن المحاكمة نتاج ضغط الشعب المصري والتهديد بمليونيات متلاحقة.
وينتقد الآخرون سياق محاكمة الرئيس المخلوع في ثلاث قضايا رئيسة فقط وهي : قتل المتظاهرين ـ التربح ـ بيع الغاز للكيان الإسرائيلي.
كما توجد هناك شكوك حول فريق الدفاع عن مبارك أكثر كفاءة من فريق الإدعاء كما توجد مفارقة في اختيار نوع المحكمة حيث يحاكم ناشطون أمام محكمة عسكرية في حين أن مبارك يحاكم أمام محكمة مدنية عادية ... علما أن مبارك لا يزال يحمل صفة عسكرية كبيرة !.
ويبدي الثوار المصريون تخوفهم أيضا من خدع فريق المحامين المخضرم الذي يدافع عن مبارك ، خاصة وأن محاميي ضحايا الثورة ظهروا في أولى جلسات محاكمة الرئيس المخلوع وكأنهم يفتقدون للتنسيق فيما بينهم.
و لا يعرف لغاية الآن المدى الزمني للمحاكمة ،ويتخوف كثيرون من إطالة أمد المحاكمة ،فيما محامون منخرطون في الإدعاء على مبارك يقولون إن المحاكمة قد تستغرق فترة طويلة .