تأسس فرع الحزب الاسلامي التركستاني رسميا في سوريا أوائل عام 2014، ضمن صفوف جبهة النصرة، وكان زعيمه آنذاك أبو رضا التركستاني، والذي قتل في غارة على مشفى جسر الشغور التي كانت معقلاً له، فجاء بعده الإرهابي إبراهيم منصور.
أول ظهور للحزب الإسلامي التركستاني - الأيغور في سوريا، كان منتصف عام 2012 بأعداد قليلة، ثم راح العدد يتضاعف ليظهروا في محافظات حلب وإدلب وحمص واللاذقية. وأول ظهور علني كان في أيار 2014 بالهجوم على أريحا، كما شارك في هجوم الغاب تموز 2015، وحصار مطار أبو الظهور، وحصار الفوعة وكفريا. ومعارك حلب 2016 وكافة العمليات في ريف اللاذقية.
عُرِف الحزب بتجنيد الأطفال وتدريبهم على القتال منذ السادسة من العمر، لهذا أدرجت الأمم المتحدة عام اسمه في قائمة المنظمات الإرهابية، كما أدرج من وقت مبكر ضمن لائحة العقوبات الأميركية.
الحصول على أرقام دقيقة حول أعداد المقاتلين الإيغور في سوريا ليس سهلاً، على الرغم من أن التقديرات تجمع على تجاوزهم عتبة الخمسة آلاف مسلح، ووصل الرقم في بعض التقارير الاعلامية إلى 16 ألف مقاتل، من أصل نحو أربعة وستون ألفا، جرى توطينهم في ريف جسر الشغور الغربي وعدة قرى منها بجبل التركمان وجبل الباير حتى سلقين، وفي جبل السماق بحارم، وفي اليعقوبية والغسانية وحلّوز وعطيرة.
للإيغور معسكران رئيسيان في محافظة إدلب، الأوّل يقع في قرية إحسم في منطقة جبل الزاوية، ويقدّر عدد الموجودين في هذا المعسكر بحوالى 2500 مقاتل، فيما يقع المعسكر الثاني الأبرز في بلدة مرعيان في جبل الزاوية، ويضمّ حوالى 3000 مقاتل.