واورد التقرير لائحة "محزنة" لانتهاكات حقوق الانسان في ظل حكم المجلس الاعلى للقوات المسلحة الذي يتولى السلطة في مصر منذ سقوط الرئيس مبارك في 11 شباط/فبراير.
وقال فيليب لوثر، مدير منظمة العفو الدولية لشؤون الشرق الاوسط بالوكالة "بتقديمه الاف المدنيين للمحاكمة امام محاكم عسكرية وبقمعه متظاهرين مسالمين وتوسيعه نطاق تطبيق قانون الطوارىء الذي كان مطبقا في ظل مبارك، فان المجلس الاعلى للقوات المسلحة انتهج نظاما قمعيا حارب ضده متظاهرو 25 كانون الثاني/يناير بقوة من اجل التخلص منه".
واضاف في بيان "اولئك الذين تحدوا او انتقدوا المجلس العسكري، المتظاهرون والصحافيون والمدونون والمضربون، تعرضوا لقمع عنيف في محاولة لاسكاتهم".
واوضح لوثر ان "الحصيلة حول احترام القوانين الانسانية يظهر انه بعد تسعة اشهر في مصر، خنق المجلس الاعلى للقوات المسلحة اهداف وتطلعات ثورة 25 كانون الثاني/يناير".
واكدت منظمة العفو الدولية انه في مجال القضاء، عمل النظام العسكري على "تأزيم الوضع". وقالت ان 12 الف مدني مثلوا امام محاكم عسكرية خلال تسعة اشهر خصوصا بتهم ارتكاب "اعمال عنف طفيفة" او "التصدي للجيش".
واشارت المنظمة الى المدون مايكل نبيل الذي احتجز لمدة 45 يوما في مستشفى للامراض العقلية بعد ان بدأ اضرابا عن الطعام احتجاجا على ادانته بالسجن لمدة ثلاث سنوات.
واضافت المنظمة "بعد ان بدأ اضرابا عن الطعام في اب/اغسطس، سحبت منه سلطات السجون ادوية القلب التي يتناولها" مشيرة الى محاولات المجلس العسكري لخنق المقالات التي تنتقده.
واوضحت ان قوات الامن وخصوصا الجيش بدل حماية المتظاهرين "قمعت بشدة عددا من المتظاهرين واوقعت عددا من القتلى والجرحى".
وذكرت المنظمة بان 28 شخصا قتلوا خلال تظاهرة للاقباط المسيحيين المصريين في 9 تشرين الاول/اكتوبر وذلك نقلا عن مصادر طبية تحدثت عن ضحايا اصيبوا بالرصاص او قضوا دهسا تحت المدرعات.
وجاء في التقرير "بدل اعطاء الامر لفتح تحقيق مستقل، اعلن الجيش انه سيجري هو نفسه التحقيق وعمل بسرعة على اسكات اي انتقاد".
وانتقدت المنظمة غير الحكومية ايضا المجلس العسكري بفتح تحقيقات بهدف ابعاد الانتقاد خصوصا حول مواصلة ممارسة التعذيب في السجن.
ودعت المنظمة السلطات المصرية الى فتح تحقيق جدي وبكل شفافية حول انتهاكات حقوق الانسان والغاء قانون الطوارئ.