وأعلنت وزارة العدل والشؤون الإسلامية والأوقاف في منتصف سبتمبر عن قيامها برفع دعوى قضائية بطلب وقف كافة أنشطة "المجلس الإسلامي العلمائي" وتصفية أمواله وغلق مقره، في حركة انتقامية مدعية أن المجلس تنظيم غير مشروع، وأنه منذ تأسيسه بأنه مخالف للدستور والقوانين (على حد تعبيرها).
من جانبه، أعلن المجلس العلمائي في بيان رسمي رفضه بيان وزارة العدل الأخير الذي يهدد بإجراءات رسمية ضد المجلس الإسلامي العلمائي.
ورأى المجلس أن ذلك يأتي في سياق القمع للحريات، ومصادرة الحقوق، والتهميش والإقصاء الذي تمارسه السلطة تجاه الشعب المطالب بحقوقه بمختلف فئاته وفصائله، وهو استهداف طائفي بامتياز.
واعتبر المجلس المبررات التي ساقتها الوزارة مزورة وذرائع واهية، مؤكدا أن الجميع يعلم بأن الجرم الوحيد للمجلس هو مساندته لقضايا الشعب العادلة، ودفاعه عن حقوقه المشروعة.
وأكد المجلس على أن مواقفه مبدئية وثابته، ولا يمكن المساومة عليها بأي حال من الأحوال، وسيبقى المجلس يقوم بدوره الإسلامي والوطني بحسب ما تمليه عليه الوظيفة الشرعية في إطار من التلاحم العلمائي من جهة، والتلاحم العلمائي الشعبي من جهة أخرى.