ورغم أن تكلفة تجهيزات التشفير المدمجة بالهواتف الذكية قد تصل إلى عدة آلاف من الدولارات، فإن هناك حلولا بديلة لهذه المشكلة وذلك عبر استخدام باقة من التطبيقات المجانية التي تشفر الرسائل النصية القصيرة والمكالمات الهاتفية التي تتم عبر اتصال الإنترنت، لكن تلك التطبيقات تشترط أن يتم استخدامها لدى طرفي المحادثة.
وتمتاز تطبيقات "تشات سيكيور" (ChatSecure) و"إكسابر" (Xabber)، و"رد فون" (RedPhone) و"سي سيب سيمبل" (CSipSimple)، بأنها مجانية مفتوحة المصدر يمكن لأي مستخدم التحقق من شفرتها، الأمر الذي يمثل أفضل حماية من هجمات القراصنة التي تهدف إلى اختراق اتصالات المستخدم عبر الهواتف الذكية.
ويتوفر من تطبيق "تشات سيكيور" إصداران أحدهما للأجهزة المزودة بنظام أندرويد والآخر للأجهزة العاملة بنظام "آي أو إس"، وهما إلى جانب التطبيق "إكسابر" يتيحان إرسال الرسائل النصية القصيرة بشكل أكثر أمنا على الأجهزة الذكية حيث تعمل عن طريق بروتوكول تشفير رسائل التراسل الفوري (OTA)، وتتمثل ميزة هذا البروتوكول بأنه يحول دون تحديد ما إذا كان هناك مفتاح معين يتم استعماله من قبل شخص محدد.
بدوره يعمل تطبيق "رد فون" على تشفير الاتصالات الهاتفية التي تتم عبر بروتوكول الإنترنت (VoIP)، أما بالنسبة للمستخدمين الأكثر خبرة الذين يجرون المكالمات الهاتفية عبر الإنترنت بواسطة بروتوكول "SIP" فيمكنهم استعمال تطبيق "سي سيب سيمبل" كأحد حلول تشفير المكالمات الهاتفية عبر الإنترنت.