وبحسب "الميادين"، في بيان له قال المؤتمر: "إن خبر الإعدام شكل صدمة كبرى في العالم أجمع وفي الوطن العربي والعالم الإسلامي على الخصوص كونه يتعلق بشيخ جليل وعالم من علماء الأمة وبمعتقل رأي، وبخطورة من شأنها تأجيج الصراعات المذهبية والإحتراب الطائفي، مما لا يخدم إلا أعداء الأمة والمتربصين بها".
وحذر المؤتمر من عواقب ما وصفه بـ"العمل الشنيع المرفوض دينياً وحقوقياً وأخلاقياً وإنسانياً" داعياً مكونات الأمة كافة إلى "توخي الحذر وعدم السقوط في شراك الفتنة والاحتراب والاقتتال".
ورأى أن "الرد الحقيقي على هذه الجريمة كما على مثيلاتها هو تعميق الحوار وردم الحواجز وإيجاد الحلول لكافة الإشكالات المطروحة كما إيجاد الوسائل الكفيلة بإدارة الاختلاف وتوحيد الجهود لتحرير فلسطين وحماية وتحرير مقدساتنا بها والتصدي للمشروع الصهيوني واجتثاثه" وفق ما جاء في بيان المؤتمر القومي الإسلامي.