وقد أحال النائب العام المستشار هشام بركات الى محكمة الجنايات الى جانب مرسي، محمد بديع المرشد العام للإخوان المسلمين ونائبيه خيرت الشاطر ومحمود عزت وعدة قياديين اخرين كما اضافت الوكالة.
وأسندت النيابة العامة إلى المتهمين تهم "التخابر مع منظمات اجنبية خارج البلاد، بغية ارتكاب أعمال إرهابية داخل البلاد، وإفشاء أسرار الدفاع عن البلاد لدولة أجنبية ومن يعملون لمصلحتها، وتمويل الإرهاب، والتدريب العسكري لتحقيق أغراض التنظيم الدولي للإخوان، وارتكاب أفعال تؤدي إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيه".
وفي تموز/ يوليو استجوب القضاء مرسي حول ظروف فراره من سجن وادي النطرون (شمال غرب القاهرة) في مطلع 2011 اثناء الانتفاضة التي اطاحت بالرئيس السابق حسني مبارك من السلطة. واتهم بانه تلقى مساعدة من مجموعات في الخارج مثل حركة حماس الفلسطينية.
وتتهم النيابة العامة ايضا جماعة الاخوان المسلمين بالضلوع في هجمات وقعت في البلاد منذ عزل اول رئيس منتخب ديموقراطيا، لا سيما في شمال سيناء.
وقالت وكالة انباء الشرق الاوسط "كشفت تحقيقات النيابة العامة أن التنظيم الدولي الإخوان قام بتنفيذ أعمال عنف إرهابية داخل مصر، بغية إشاعة الفوضى العارمة بها، وأعد مخططا إرهابيا كان من ضمن بنوده تحالف قيادات جماعة الإخوان المسلمين بمصر مع بعض المنظمات الأجنبية".
واشارت النيابة الى هذه المنظمات "وهي حركة المقاومة الإسلامية "حماس" الذراع العسكري للتنظيم الدولي للإخوان، وتنظيمات أخرى داخل وخارج البلاد، تعتنق الأفكار التكفيرية المتطرفة، وتقوم بتهريب السلاح من جهة الحدود الغربية عبر الدروب الصحراوية" (حسب الوكالة).
وتبنت العديد من هذه الهجمات التي ادت الى مقتل عشرات الشرطيين والجنود المصريين، مجموعات تقول انها تعتمد فكر تنظيم القاعدة وان ليس لها علاقة بالاخوان المسلمين.
واعتبرت النيابة العامة انه بعد عزل مرسي نفذت تلك الاعتداءات "بهدف إرهاب الشعب المصري، وإثارة الفوضى والنيل من استقلال البلاد وسلامة أراضيها ووحدة المواطنين، وإشعال الفتن الطائفية بينهم في سبيل إشعال الحرب الأهلية بمصر، قاصدين من وراء ذلك عودة الرئيس المعزول، وإعادة قبضة جماعة الإخوان على البلاد" كما اضافت الوكالة المصرية.
ويواجه بعض المتهمين وبينهم عصام الحداد الذراع اليمني لمرسي اثناء وجوده بالرئاسة، تهم تسريب اسرار دولة.
وكان الجيش المصري عزل مرسي في 3 تموز/ يوليو بعد تظاهرات حاشدة طالبت برحيله.
ومنذ ذلك الحين يتظاهر انصاره بشكل شبه يومي احتجاجا على الحملة ضد مؤيدي الاخوان المسلمين التي اوقعت اكثر من الف قتيل منذ مطلع الصيف واعتقال الاف اخرين في صفوف انصار مرسي.