وقالت المؤسسة ردًا على مزاعم رئيس الحكومة الصهيونية، "إن مدينة القدس وبلدتها القديمة المحتلتين هي مدينة عربية المنشأ إسلامية التاريخ والحضارة، بناها وأسسها اليبوسيون العرب الكنعانيون، وعاشوا فيها عبر الأزمان كلها على مدى أكثر من ستة آلاف سنة، وحتى خلال احتلالها من الأقوام الآخرين كالفرس والرومان".
وشددت المؤسسة على أن "القدس إسلامية التاريخ والحضارة منذ فتحها وحتى الخلافة العثمانية"، مشيرة إلى أن "كل معالم المدينة المقدسة وعلى رأسها المسجد الأقصى وكنيسة القيامة تشير إلى إسلامية وعروبة المدينة".
وجاءت تصريحات "مؤسسة الأقصى" رداً على تصريحات رئيس حكومة كيان الاحتلال بنيامين نتنياهو التي ادعى فيها ان ما سماه " حائط المبكى" – وهو المسمى الاحتلالي لحائط البراق، هو ملك وارث يهودي وكذا القدس القديمة وأنها ملك لليهود منذ 3000 عام وستبقى لهم، على حد قوله.
ومن جانبه؛ عقب المحامي زاهي نجيدات، الناطق الرسمي باسم الحركة الإسلامية في الداخل الفلسطيني، على تصريحات نتنياهو بالقول: "إن الأوهام والأراجيف لا تغير من الحقيقة شيئا، فإسلامية وعروبة القدس واضحة وضوح الشمس في رائعة النهار، وحائط البراق هو حائط البراق، وأقوال نتنياهو هي برقية شر ورسالة شؤم حري بالأمة المسلمة والعالم العربي الالتفات إليها وأخذ الدور المطلوب لإنهاء الاحتلال الجاثم على صدر القدس بأقصاها وبراقها".